HMS ber lögum samkvæmt ábyrgð á að stuðla að jafnvægi á húsnæðismarkaði, meðal annars með húsnæðisstuðningi, lánveitingum, rannsóknum, upplýsingagjöf, áætlanagerð og eftirliti. Mikilvægur hluti af starfsemi HMS er að sinna stjórnsýslu húsnæðis- og mannvirkjamála í samstarfi við sveitarfélög og stuðla að fyrirsjáanleika, skilvirkni og gæðum mannvirkjagerðar. Einnig leitast stofnunin við að tryggja að almenningur hafi aðgang að öruggu og vistvænu húsnæði á viðráðanlegu verði og í samræmi við þarfir hvers og eins, óháð efnahag og búsetu.

HMS sér einnig um Húsnæðissjóð sem er í eigu og á ábyrgð ríkissjóðs og hefur það hlutverk að fjármagna lánveitingar á samfélagslegum forsendum. Dótturfélag HMS, Leigufélagið Bríet, var stofnað árið 2019 og starfar undir sjálfstæðri stjórn með það að markmiði að stuðla að heilbrigðum og hagkvæmum leigumarkaði á landsbyggðinni. Stefna félagsins er að rekstur þess verði sjálfbær og að félagið sé alltaf rekið án hagnaðarsjónarmiða.

Með yfirstjórn HMS fer fimm manna stjórn sem ráðherra skipar til fimm ára í senn. HMS rekur þrjár starfsstöðvar sem staðsettar eru í Reykjavík, Sauðárkróki og Akureyri og hefur stjórn stofnunarinnar frá upphafi lagt mikla áherslu á að efla og styrkja starfsemi hennar á Norðvesturlandi.

HMS starfar eftir 18 lagabálkum og 42 reglugerðum á 20 málefnasviðum. Skipta má hlutverkum stofnunarinnar í tíu málaflokka sem taldir eru upp hér að neðan.